) План заговора, включавший захват Тауэра от имени госсовета, не был реализован, однако 16 декабря Купер вместе с другими бывшими членами госсовета опубликовал открытое письмо командующему армией в Шотландии генералу Монку, призвав его вторгнуться в Англию и восстановить мир и «Охвостье» как единственную законную власть.
, после военного переворота и разгона «Охвостья», был назначен представителем Уилтшира в «Бербонском» (другие названия – «назначенный», «малый») парламенте, в июле стал членом госсовета и в августе его председателем.
После того как это было сделано, Купер был назначен в новый госсовет, образование которого привело к роспуску Долгого парламента, переговорам с Карлом Стюартом и созыву конвента.