Такое может произойти в случае серьезного краха системы (что иногда бывает смертельно для информации на жестком диске) или когда, к примеру, при установке Windows переписывает MBR, и в результате уничтожается загрузчик LILO (разделы Linux и система жизнеспособны, только загрузить ее нечем)