Родовое название происходит от греческих слов «poli» – «много» и «gony» – «колено» (многоколенчатый стебель), видовое название – от греческого слова «hydro» – «вода» и латинского «piper» – «перец» (так как водяной перец растет в воде, и имеет жгучий вкус)